В шаблоне вида сообщения по месту пишем код:  

<a title="Выразить благодарность" href="javascript://" onclick="window.open('http://helper.ucoz.ru/index/23-$UID$?good','reputation','resizable=1,scrollbars=1,top=0,left=0,width=500,height=230');return false;"><img src="http://src.ucoz.ru/sm/1/angel.gif" border="0" align="absmiddle"></a> < <a href="$READ_REP_URL$" title="Посмотреть историю репутации">$REP_RATING$</a> > <a title="Выразить недавольство" href="javascript://" onclick="window.open('http://helper.ucoz.ru/index/23-$UID$?bad','reputation','resizable=1,scrollbars=1,top=0,left=0,width=500,height=230');return false;"><img src="http://src.ucoz.ru/sm/1/devil.gif" border="0" align="absmiddle"></a>  

Изменяем код на свое усмотрение. Синим помечен адрес вашего сайта, зеленым кнопки, при нажатии которых происходит изменение репутации. Можете их заменить на текстовые или другие графические кнопки.  

В шаблоне "Всплывающие окна после $BODY$:  
1.Вариант. Просто сказать "спасибо" или "тьфу"  

<script>  
if('$PAGE_ID$'=='userreputation'){ try {  
poram=location.search;  
if(poram=='?good') { document.addform.reason.value='Спасибо!'; document.addform.sbm.click(); }  
if(poram=='?bad') { document.getElementById('a1').checked=true; document.addform.reason.value='Тьфу на тебя!'; document.addform.sbm.click(); }  
} catch(e) {}}  
</script>  

2.Вариант. Скрипт с сылкой на страницу где была изменена репутация:  

<script>  
if('$PAGE_ID$'=='userreputation'){ try {  
tema=opener.location.href;  
poram=location.search;  
if(poram=='?good') {document.addform.reason.value='Спасибо за ответ в теме: '+tema; document.addform.sbm.click(); }  
if(poram=='?bad') {document.getElementById('a1').checked=true; document.addform.reason.value='Тьфу на тебя! за твой ответ в теме: '+tema; document.addform.sbm.click(); }  
} catch(e) {}}  
</script>