Немного о самой регистрации. Тут есть два пути, либо все делать руками (страшная рутина), либо использовать специальный софт (см. раздел "инструменты"). Лично я советую воспользоваться программой Allsubmitter, т.к. процесс добавления информации в каталоги упрощается многократно. В инструкции к программе вы найдете все необходимые рекомендации по ее использованию. Обычно после прогона сайта по хорошей базе "белых" каталогов, параметры сайта через пару месяцев становятся примерно следующими:
ТИЦ~10-30, PR~2-3. При таких показателях авторитетности, сайт на одних только ссылках будет приносить прибыль в районе 20-50 долларов в месяц (не сравнить по доходности с контекстной рекламой, но зато и трафик не нужен).
Сервисы, которыми можно и нужно пользоваться :
http://webmaster.yandex.ru - форма для добавления сайта в базу данных Яндекса.
http://www.rambler.ru/doc/add_site.shtml - аналогичная форма, но для Рамблера.
http://www.google.ru/intl/ru/addurl.html - то же самое для Гугла.

http://wordstat.yandex.ru/ - анализ поисковых запросов по Яндексу.
https://ad.rambler.ru/swrds/wrds.pl - запросы по Рамблеру.
http://stat.go.mail.ru/stats - анализ запросов в поисковике от Mail.ru.

http://maulnet.ru/yandex-updates/ - довольно точный сервис определения апдейтов (обновлений основной поисковой базы) Яндекса.

http://www.be1.ru/stat/ - комплексный анализ продвижения сайта.
http://www.promolab.ru/free/parser.php - анализ структуры сайта.
http://linum.mohito.ru/ - подсчет ссылок на странице.
http://www.iwebtool.com/backlink_checker - анализатор ссылок на ваш сайт (беклинков).
http://livepr.raketforskning.com/ - определение PageRank по дата-центрам.
http://www.iwebtool.com/visual_pagerank/ - визуальный PR всех ссылок на странице.

http://textbroker.ru/files/DCFinder.exe - маленькая, но очень удобная программа для проверки контента (текста) на уникальность в поисковой системе Яндекс.

http://www.copyscape.com/ - онлайн сервис для проверки контента сайта на оригинальность (использует поисковую базу Гугла).

http://web.archive.org/collections/web.html - "машина времени" показывает с какого года сущесвует домен и какой контент располагался на этом домене в определенные временные промежутки.

http://webmoney.ru/ - сайт самой распространенной в России системы электронных платежей WebMoney. На сайте вы сможете скачать программу для работы с системой и ознакомиться с инструкциями по эксплуатации.
Необходимые программы и скрипты :
http://www.site-auditor.ru/ - очень хорошая программа для комплексного анализа и мониторинга сайта. По своей функциональности заменяет массу всевозможных сервисов. На мой взгляд просто незаменимый инструмент в работе по продвижению сайта. Не требует установки и удобна в эксплуатации.

http://manin.ru/puzik.rar - PHP-скрипт "Пузик" предназначен для пакетной проверки параметров тИЦ и PR. Может запускаться на любом хостинге с поддержкой PHP или на локальной машине под "Денвером".

http://www.yccy.ru/?yccyprog - сайт программы "YCCY", основной функцией которой является пакетная проверка множества ссылок на проиндексированность в поисковых системах: "Яндекс", "Гугл" и "Рамблер".

http://www.yazzle.ru/ - инструмент для анализа конкурентности и первичной стоимости продвижения по тем или иным поисковым запросам. Программа также обладает рядом иных дополнительных функций. Продукт очень полезный, но платный (цена 100$).

http://www.mozilla.ru/ - очень рекомендую скачать реактивный браузер Firefox, который значительно превосходит Internet Explorer (IE) по скорости работы. К тому же к Firefox существует масса дополнительных модулей "заточенных" под SEO (поисковая оптимизация).

http://www.denwer.ru/ - набор компонентов "Денвер", позволяющий полностью эмулировать работу виртуального хостинга. Т.е. вы можете устанавливать, настраивать и просматривать свои сайты на персональном компьютере без выхода в сеть Internet.
Инструменты для регистрации в каталогах:
http://www.webloganalyzer.biz/rus/allsubmitter.html - официальный сайт разработчиков программы Allsubmitter. Здесь вы можете приобрести пожалуй лучшее решение для регистрации сайтов в каталогах. Программа автоматически заполняет необходимые поля и формы, а также поддерживает режим авторегистрации (добавление в большое количество каталогов одним нажатием кнопки). Для тех кто не любит платить, есть взломанная версия программы Alsubmitter 3.3 (версия 3.4 не поддерживает авторегистрацию), которая поддерживает все необходимые функции и прекрасно работает. Я не занимаюсь распространением вареза, так что и ссылку на "паломанный" софт давать не буду. Хочу лишь заметить, что программка и "пилюля" к ней легко находятся в поисковых системах.

http://smile-group.ru/products/seotools/ - сайт разработчика программы SMILE: SEO Tools. Инструмент предназначен для тех же целей, что и предыдущая программа. Некоторые считают данный продукт более перспективным нежели Alsubmitter, но мне он показался несколько сложноватым + ресурсоемким (использует больше трафика). Опять же существует "пилюля" к этой программе, которая находится при помощи тех же поисковиков.

http://baza.garb.ru/zip/file.txt - пройдя по этой ссылке можно скачать не плохую базу каталогов, которая периодически обновляется и проверяется модератором сайта на наличие битых ссылок, почерневших каталогов и прочего "мусора". Качественных каталогов не менее 95% от общего количества. База в txt файле, а следовательно настраивать смарт и авторегистрацию (для программы Allsubmitter и аналогов) при желании вам придется самим. Предположительный прирост ТИЦ~10-30 пунктов, в течении одного месяца для нулевого сайта.